登録するソフトウェアの名称に「！」や「？」などの記号が含まれているのですが、使用可能でしょうか？

ソフトウェア著作権登録の規定にはございませんが、現地当局のシステムの関係上、正しく認識がされない可能性があるので、名称に含まない方が良いでしょう。